Чудесное решение быстрой настройки MySQL сервера под ваш сервер
Идем /usr/share/doc/mysql-server-x.x.xx/ а там есть несколько файлов, которые содержат «готовые рецепты» конфига
my-huge.cnf — если ОЗУ сервера(VDS) >1Gb
my-large.cnf — если ОЗУ сервера(VDS) >512Mb
my-medium.cnf — если ОЗУ сервера(VDS) >256Mb
my-small.cnf — если ОЗУ сервера(VDS) >64Mb