Возникала 504 ошибка, сильно удивился, ведь на сайте по сути я был один, добавлял новый контент 🙂 много контента.
504 Gateway Timeout — значит, что клиентский запрос nginx передал apache, а apache не смог в установленный лимит времени вернуть HTTP-ответ.
Т.е. проблема в Apache и в тяжелом php скрипте, который активно работает с базой данных в моем случае это Drupal 7, который активно получает много новых данных и пишет их в базу.
Казалось уже есть акселератор php. Я для решения вопроса, увеличил max_execution_time (максимально время для выполнения скрипта в php.ini)
Включил KeepAlive
Мониторить ресурсы удобно с помощью htop (apt-get install htop)