Если ваша MySQL ругается сильно, мол Checking for corrupt, not cleanly closed and upgrade needing tables, что значит приблизительно следующее Проверь поврежденные таблицы, нуждающиеся в обновлении, закрытые не корректно.
Что мы и сделаем:
mysqlcheck —check-upgrade —all-databases —auto-repair -u root -p
mysql_upgrade —force -u root -p